Sono stati a loro a chiudere il programma della giornata. I piloti della Moto2 si sono dati battaglia per conquistare una pole position di un GP come quello di Motegi. La pole, a sorpresa, è stata firmata da Mika Kallio (che torna in prima fila per la prima volta dalla gara di apertura) che ha fermato il cronometro su 2’01.248 al termine di una lotta a distanza con Xavier Simeon (+ 0.204) e Johann Zarco (+ 0.236). Simone Corsi, quarto a + 0.253 ed escluso dalla prima fila per soli 17 millesimi, che ha mostrato una notevole competitività anche sul passo con un 2’02 basso in linea con quello dei suoi predecessori. Dietro Simone Corsi, si sono piazzati Sucipto, Rabat ed Espargaro. Soltanto quindicesimo l’infortunato Scott Redding.